Η βλάστηση του Αγίου Όρους έχει έναν ιδιαίτερο, πλούσιο και ιδιάζοντα χαρακτήρα βάσει της θέσης στην οποία εκτείνεται, της μορφολογίας του εδάφους και του μεσογειακού κλίματος.

Από άποψη χλωρίδας, η Αθωνική πολιτεία, χαρακτηρίζεται από την έντονη πυκνότητα της βλάστησης που μαζί με τα αδιαπέραστα πετρώματα εμποδίζουν τη ροή του νερού και δεν το αφήνουν να χαθεί στο βάθος του εδάφους. Τα δάση και οι θάμνοι, είναι άφθονα, ενώ ορισμένα είδη φύονται, στην περιοχή, κατ΄αποκλειστικότητα και η περιοχή χαρακτηρίζεται σαν βοτανικός παράδεισος

Οι ειδικοί, που μελέτησαν τα φαινόμενα της χλωρίδας και της πανίδας, κατέληξαν πως η αφθονία αυτή οφείλεται κατά κύριο λόγο στην θέση και τη γεωλογία, που έχει η χερσόνησος. Πιο συγκεκριμένα, το γεγονός ότι προεκτείνεται βαθιά μέσα στην θάλασσα, το μεγάλο υψόμετρο (2.033 μέτρα), το κλίμα, τα ορεινά εδάφη, το πλήθος από τα πετρώματα, η γεωγραφική απομόνωση αλλά και η απουσία κοπαδιών ευνοούν ιδιαίτερα την βλάστηση της περιοχή.  Το έδαφος περιλαμβάνει όλες σχεδόν τις ζώνες βλάστησης που απαντούν στην Ελλάδα.

  Στη χερσόνησο του Αγίου όρους, η βλάστηση παρουσιάζει ιδιόρρυθμη εξέλιξη και σαφή καθ’ ύψος διάρθρωση σε ζώνες. Η θέση του όρους στο άκρο απόληξης μιας στενής και μακριάς Χερσονήσου, μέσα στο θαλάσσιο χώρο, καθιστά δυνατή την πλήρη ανάπτυξη και εξέλιξη μιας μεσογειακής βλάστησης στη χαμηλότατη βαθμίδα του.

Σύμφωνα με τον Μπαμπαλώνα («Φυτά του Αγίου Όρους», 1997), οι βασικές ενότητες βλάστησης στο Άγιον Όρος, όπου η φυτοκάλυψη υπερβαίνει το 95%, είναι: 

1) Η διάπλαση της σκληροφύλλης / αείφυλλης βλάστησης που σχηματίζει στα χαμηλά υψόμετρα μία πρώτη ζώνη βλάστησης. Η διάπλαση αυτή, ανάλογα με τις κατά τόπους εδαφικές και κλιματικές και άλλες διαφορές παρουσιάζει διαφορετικές δομές που αντιπροσωπεύουν στην περιοχή διάφορες μεσογειακές φυτοκοινότητες. Η δομή της μεσογειακής αυτής βλάστησης, είναι σε καλύτερη και περισσότερο αντιπροσωπευτική δομή στην ανατολικό-βορειοανατολική παράκτια ζώνη, θέση στην οποία είναι κτισμένη και η Ιερά Μονή Παντοκράτορος σε βραχώδες έξαρμα, στην απόληξη δασωμένης πλαγιάς, και σε ύψος 30 περίπου μέτρων από τη θάλασσα.

2) Στην Ορεινή ζώνη και σε υψόμετρα μεγαλύτερα από 500 μέτρα, όπου η επικράτηση των φυλλοβόλων ξυλωδών ειδών, είναι σαφής. Εκεί, τα δάση καστανιάς κυριαρχούν σε έκταση και ακολουθούν τα δρυοδάση και τα δάση οξιάς.

3) Ιδιαίτερα στον Άθω και σε υψόμετρο 600 – 1.550 μέτρα, υπάρχουν κατά τόπους αμιγή ή μεικτά ελατοδάση και δάση με μαύρη πεύκη ενώ στην υπαλπική ζώνη και μετά τα δασοόρια, όπου το επιτρέπουν οι εδαφικές συνθήκες, κυριαρχεί ποώδης  λιβαδική βλάστηση.

 

 Στην περιοχή υπάρχει επίσης, έντονη δραστηριότητα καλλιεργειών. Κάποιες από αυτές είναι, η καλλιέργεια αμπελιού, η καλλιέργεια φαρμακευτικών φυτών, η καλλιέργεια οπωρώνων , ελαιώνων  αλλά και λαχανόκηπων,  καλλιέργειες  που  μαρτυρούνται  από  τους  βυζαντινούς  χρόνους  και  περιλαμβάνουν είδη απαραίτητα για την λατρεία και για την καθημερινή διατροφή των μοναχών (σιτάρι, ελαιόλαδο -όχιν μόνον για το φαγητό και τα καντήλια  σήμερα, αλλά στο παρελθόν και για τον φωτισμό στα λυχνάρια-, οίνο, λαχανικά, φρούτα).

Στην Ιερά Μονή Παντοκράτορος η φροντίδα και η καλλιέργεια όλων αυτών αποτελεί ένα από τα διακονήματα των μοναχών. 

 

Σε ό,τι αφορά τη θάλασσα, κυρίως σε παλαιότερες εποχές, αυτή τροφοδοτούσε το μοναστήρι με τα αλιεύματά της.